به نظر میرسه شما ساختار یک نوشتار لاتک آشنا نیستید. نوشتار شما باید چنین نوشتاری داشته باشد:
\documentclass[a4paper,12pt]{book}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Language=Default]{IRNazanin}
\begin{document}
\tableofcontents
\part{یک بخش}
\chapter{یک فصل}
\section{یک قسمت}
\subsection{یک زیرقسمت}
\end{document}
خروجی بصورت زیر خواهد بود:

توجه کنید که نوشتار شما حتماً باید \begin{document} و \end{document} داشته باشید و متن شما و دستوراتی مانند \tableofcontents باید بعد از \begin{document} قرار بگیرند.