سلام
همون‌طور که تو بخش کامنت‌ها گفتم، قرار نیست در جایی از فایلتون قرار بدید. اجرای xelatex همونیه که در حال حاضر دارید انجام می‌دید و خروجی می‌گیرید.
حالا از ویرایشگر، مسیرهای زیر رو طی کنین و اجرای جدید رو تعریف کنین:
یه نام دلخواه در کادر Menu Item بنویسین و در کادر Command، این رو بنویسین:
xindy -L persian-variant2 -C utf8 -M texindy -M page-ranges %.idx.
برای اجرای اون دستور، از این مسیر استفاده کنین:
پس شما یه بار فایلتونو اجرا می‌کنین، یه بارم اون دستور جدید و دوباره فایلتونو اجرا کنین.
