فکر نمی‌کنم مدل apa به این صورت باشه که تو متن و انتها، از عدد برای ارجاع استفاده بشه؛ این موضوع رو خودتون بیشتر تحقیق کنین. با این حال با تغییرات زیر می‌تونین به خواسته‌هاتون برسین ولی همونطور که گفتم عددی در کار نخواهد بود.
خطوط ۱۹ و ۲۰ رو در فایل commands غیرفعال کنین؛ یعنی این دستورها:
\usepackage[square,numbers,compress]{natbib}
\setcitestyle{aysep={\!}}
بستۀ apacite رو بالای زی‌پرشین قرار دهید:
\usepackage{apacite}
قسمت bibliographystyle رو هم به‌این صورت بنویسید:
\setLTRbibitems
\makeatletter
\bidi@AtBeginEnvironment{thebibliography}{\renewcommand{\bibname}{\rightline{\rl{مراجع}}}
\latinfont}
\makeatother
\bibliographystyle{apacite}
\bibliography{mycollection}
خروجی:
توجه: کلمات فارسی را داخل «گیومه» بذارید نه داخل «دابل کوتیشن»
