مشکل نخست ارتباطی با این بسته خاص یا بسته babel نداره. مشکل نحوه برخورد موتور لواتک هست. اگر هر جایی از نوشتار دستور \the\pagedir را قرار بدهید متوجه میشوید که بسته babel یا این بسته داره از دستور بدوی \pagedir TRT استفاده میکنه که جهت صفحه را راست به چپ میکنه. همینطور این بسته داره از دستور بدوی \bodydir TRT استفاده میکنه. این دو دستور بدوی مشکلاتی دارند و نباید استفاده بشه. در حقیقت این مشکل شباهت خیلی زیادی به این مشکل داره با اینکه از دو موتور حروفچین متفاوت استفاده داره میشه.
دو راهحل وجود داره. بسته babel و بسته خاص باید بصورت کامل بازنویسی بشه و از دستورات بدوی \pagedir و \bodydir استفاده نشه. راهحل دوم دقیقا راهحلی است که در پرسش و پاسخی که لینک کردم دادهام.
مشکل دوم باگ بسته babel هست و مشکل موتور نیست.
همانطوری که در این پرسش و پاسخ تاکید کردم، بسته babel باگ زیاد داره و برای کارهای روزانه مناسب نیست.
این یک فایل کمینه هست که مشکل نخست رو بدون استفاده از بسته babel نشون میده. کافیه دستورات بدوی \pagedir و \bodydir رو comment کنید یا پاکشون کنید تا ببینید مشکلی وجود نخواهد داشت.
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\pagedir TRT
\bodydir TRT
\pardir TRT
\textdir TRT
\begin{document}
\begin{align*}
x^4-y^4 & =\\
&=(x^2+y^2)(x^2-y^2) \\
&=(x^2+y^2)(x+y)(x-y)
\end{align*}
\[
|x|=
\begin{cases}
x & x>0 \\
-x & x<0
\end{cases}
\]
\end{document}
همونطوری که مشخصه مشکل دوم اینجا وجود ندارد.