سلام
ابتدا از ارسال فایل کمینه و پی‌دی‌اف از شما تشکر می‌کنم و به شما یک رای مثبت می‌دهم.
تنها خطایی که در فایل کمینه بود تعریف \setdigitfont دوبار انجام شده بود.
برای تغییر این ساختار باید از تغییر ساختار \theequation به صورت زیر استفاده کنید.
\renewcommand{\theequation}{\arabic{chapter}.\arabic{equation}}
معمولاً برای یکنواخت بودن شماره‌گذاری این اتفاق می‌افتد.
کدهای شما به صورت زیر است:
\documentclass[12pt,oneside]{book}
%\documentclass[12pt,openany,oneside,msc]{memoir}
%----------------------------------------------------------------
\usepackage{amsmath,amsthm,amssymb,amsfonts}
%\usepackage{amsmath,amsthm,amssymb,amsfonts,txfonts,amscd}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{ptext}
\usepackage{tocloft}
\usepackage{hyperref}
%\usepackage[noadjust,nospace]{cite}
\usepackage{makeidx}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[all,cmtip]{xy}
%%\usepackage[a4paper,vmargin=3cm,left=3cm,right=4cm]{geometry}
\usepackage[top=30mm, bottom=30mm, left=30mm, right=40mm]{geometry}
%----------------------------------------------------------------
%\usepackage{fancyhdr}
%\pagestyle{fancy}
%\usepackage{tocbibind}
%\usepackage{fancybox}
\usepackage{algorithm}
\usepackage{algpseudocode}
\usepackage[labelsep=period]{caption}
%-----------------------------------------------
\usepackage[nottoc,notlof,notlot]{tocbibind}
%----------------------------------------------------------------
%\usepackage{bidicode}
\usepackage{xepersian}
%\settextfont[Scale=1.2]{XB Niloofar}
\settextfont[Scale=1.2]{Yas}
%\setdigitfont[Scale=1]{Yas}
%\setdigitfont[Scale=1]{XB Zar}
\setdigitfont[Scale=1]{Yas}
\setlatintextfont[Scale=1]{Times New Roman}
%\setlatindigitfont[Scale=1]{Yas}
%\setdigitfont[Scale=1]{Persian Modern}
\defpersianfont\Nastaliq[Scale=1]{IranNastaliq}
\defpersianfont\Titre[Scale=1]{XB Titre}
\linespread{1.8}
%----------------------------------------------------------------
\theoremstyle{plain}
\newtheorem{thm}{قضیه}%[section]
\numberwithin{thm}{section}
\renewcommand{\thethm}{\arabic{chapter}. \arabic{section}. \arabic{thm}}
\newtheorem{lem}[thm]{لم}
\newtheorem{prop}[thm]{قضیه}
\newtheorem{cor}[thm]{نتیجه}
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{dfn}[thm]{تعریف}
\newtheorem{exam}[thm]{مثال}
\newtheorem{rem}[thm]{تذکر}
\newtheorem{alg}[thm]{الگوریتم}
\newtheorem{con}[thm]{قرارداد}
%----------------------------------------------------------------
%------------------------------------------------------------------------------------------------
\renewcommand{\listfigurename}{فهرست شکل‌ها}
\renewcommand{\listtablename}{فهرست جدول‌ها}
\renewcommand{\bibname}{منابع}
%
%\newcommand{\Tableofcontents}{%
%\clearpage\addtolength{\baselineskip}{0ex}
%\addtocontents{toc}{{\bfseries عنوان\hfill\bfseries صفحه}}
%\tableofcontents
%\clearpage\addtolength{\baselineskip}{0ex}}
%
\newcommand{\Listoffigures}{%
\clearpage\addtolength{\baselineskip}{0ex}
\addtocontents{lof}{{\bfseries عنوان\hfill\bfseries صفحه}}
\listoffigures
\clearpage\addtolength{\baselineskip}{0ex}}
%
\newcommand{\Listoftables}{
\clearpage\addtolength{\baselineskip}{0ex}
\addtocontents{lot}{{\bfseries عنوان\hfill\bfseries صفحه}}
\listoftables
\clearpage\addtolength{\baselineskip}{0ex}}
%
%--------------------------------------------------------------------------------
\addtocontents{toc}{\textbf{عنوان}~\hfill\textbf{صفحه}\par}
\SepMark{-}
\makeatletter
\newcommand*{\@thechapapp}{\@tartibi\c@chapter}
\bidi@appto\appendix{\gdef\@thechapapp{\@harfi\c@chapter}}
% ترتیبی کردن شماره فصل‌ها در فهرست مطالب در صورت استفاده از بسته hyperref
\bidi@patchcmd{\Hy@org@chapter}{%
\addcontentsline{toc}{chapter}%
{\protect\numberline{\thechapter}#1}%
}{%
\addcontentsline{toc}{chapter}%
{\protect\numberline{\@chapapp~\@thechapapp:}#1}%
}{\typeout{We succeded in redefining \string\@chapter}}
{\typeout{We failed in redefining \string\@chapter}}
\makeatletter
% اضافه کردن خط تیره بعد از شماره‌ها در متن
%\def\@seccntformat#1{\csname the#1\endcsname\@SepMark\quad}
% اضافه کردن خط تیره بعد از شماره‌ها در فهرست مطالب
\renewcommand{\cftsecaftersnum}{\@SepMark}
\renewcommand{\cftsubsecaftersnum}{\@SepMark}
\renewcommand{\cftsubsubsecaftersnum}{\@SepMark}
\makeatother
% زیاد کردن عمق شماره‌گذاری‌ها در متن و فهرست مطالب
\setcounter{secnumdepth}{2}
\setcounter{tocdepth}{3}
% زیاد کردن فاصله بین شماره‌ها و عنوان‌ها در فهرست مطالب
\setlength\cftchapnumwidth{4.5em}
\setlength\cftsecnumwidth{3em}
\setlength\cftsubsecnumwidth{4em}
\setlength\cftsubsubsecnumwidth{3em}
% زیاد کردن تورفتگی شماره‌ها و عنوان‌ها در فهرست مطالب
\setlength\cftsecindent{2.5em}
\setlength\cftsubsecindent{3.5em}
\setlength\cftsubsubsecindent{10em}
\numberwithin{algorithm}{chapter}
\numberwithin{figure}{chapter}
\numberwithin{table}{chapter}
\numberwithin{equation}{chapter}
\renewcommand{\theequation}{\arabic{chapter}.\arabic{equation}}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{فصل اول}
\section{بخش اول}
\begin{equation}
x-3=4
\end{equation}
\begin{equation}
x-3=4
\end{equation}
\chapter{جدید}
\section{کامل}
\begin{thm}
این یک قضیه است.
\end{thm}
\end{document}
خروجی شما با نسخه‌ی اولیه‌ی تکلایو 2018 مطابق زیر است:
![enter image description here][1]
موفق باشید.
