سلام
برای رفع این مشکل شما بسته ی tocloft را به همراه آپشن subfigure باید فراخونی کنید سپس باید بسته ی hyperref رو به صورت زیر در مقدمه ی سندتون فراخوانی کنید:
\usepackage{subfigure}
\usepackage[subfigure]{tocloft}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{titlesec}
پس با این توضیحات فایلتون باید به صورت زیر ویرایش بشه:
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage{subfigure}
\usepackage[subfigure]{tocloft}
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=red,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{titlesec}
\usepackage[extrafootnotefeatures,Kashida]{xepersian}
\SepMark{-}
\defpersianfont\nastaliq[Scale=1.1]{XB Zar}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Zar}%Zar}
\setdigitfont{Yas}%Times New Roman}
\setlatintextfont{Times New Roman}
\flushbottom
\makeatletter
\newcommand*{\@thechapapp}{\@tartibi\c@chapter}
\bidi@appto\appendix{\gdef\@thechapapp{\@harfi\c@chapter}}
% ترتیبی کردن شماره فصل‌ها در فهرست مطالب در صورت استفاده از بسته hyperref
\bidi@patchcmd{\Hy@org@chapter}{%
\addcontentsline{toc}{chapter}%
{\protect\numberline{\thechapter}#1}%
}{%
\addcontentsline{toc}{chapter}%
{\protect\numberline{\@chapapp~\@thechapapp:}#1}%
}{\typeout{We succeded in redefining \string\@chapter}}
{\typeout{We failed in redefining \string\@chapter}}
\makeatletter
\def\@seccntformat#1{\csname the#1\endcsname\@SepMark\quad}
% اضافه کردن خط تیره بعد از شماره‌ها در فهرست مطالب
\renewcommand{\cftsecaftersnum}{\@SepMark}%
\renewcommand{\cftsubsecaftersnum}{\@SepMark}%
\renewcommand{\cftsubsubsecaftersnum}{\@SepMark}%
\makeatother
% زیاد کردن عمق شماره‌گذاری‌ها در متن و فهرست مطالب
\setcounter{secnumdepth}{4}
\setcounter{tocdepth}{4}
% زیاد کردن فاصله بین شماره‌ها و عنوان‌ها در فهرست مطالب
\setlength\cftchapnumwidth{4.5em}
\setlength\cftsecnumwidth{3em}
\setlength\cftsubsecnumwidth{4em}
\setlength\cftsubsubsecnumwidth{5em}
% زیاد کردن تورفتگی شماره‌ها و عنوان‌ها در فهرست مطالب
\setlength\cftsecindent{4.5em}
\setlength\cftsubsecindent{7.5em}
\setlength\cftsubsubsecindent{12em}
\titleformat{\chapter}[display]
{\vspace{-3cm}\vfill\filcenter}
{{%
\vspace{-3cm}\filcenter\fontsize{36pt}{36pt}\selectfont{\chaptername}
\fontsize{36pt}{36pt}\selectfont\thechapter%
}%
}
{50pt}
{\fontsize{36pt}{36pt}\selectfont%
}[\vfill\clearpage]
\titlespacing*{\chapter}{0pt}{0pt}{0pt}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{چارچوب کلی}
\section{بخش2}
\section{بخش3}
\chapter{پراکندگی}
\section{دامنه}
\section{بخش1}
\chapter{پتانسیل}
\section{بخش3}
\section{بخش2}
\chapter{دامنه‌های پراکندگی برهم‌کنش‌های گرانشی مختلف}
\section{بخش 4}
\section{بخش 5}
\end{document}
خروجی در فهرستتونم به صورت زیر میشه:
![enter image description here][1]
موفق باشید. مددپور
