سادهترین و خودکارترین راه اینه که از ویژگی interchartoks در زیتک استفاده کنید.
\documentclass{article}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\SepMark{-}
\makeatletter
\XeTeXinterchartoks \bidi@digits@charclass \bidi@sepmark@charclass = {\raise0.5ex\hbox\bgroup}
\XeTeXinterchartoks \bidi@sepmark@charclass \bidi@digits@charclass = {\egroup}
\makeatother
\begin{document}
\section{یک متن نمونه}
\subsection{متنی دیگر}
\subsubsection{باز هم متنی دیگر}
\section{یک متن نمونه}
\subsection{متنی دیگر}
\subsubsection{باز هم متنی دیگر}
\end{document}
