خوب بنظرتان ارجاع به محیطی که خود هیچ ترتیبی ندارد چگونه باید باشد و \ref باید دقیقا به چه برچسبی اشاره کند؟!
این کار در محیط enumerate ممکن است. برای نمونه کد شما به صورت زیر ممکن خواهد شد:
\documentclass{article}
\usepackage{enumitem}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\setdigitfont{Yas}
\begin{document}
\begin{enumerate}[label=مورد (\arabic*)]
\item\label{it(1)}
$c$ و $d$ روی مسیر $P_{1}$ هستند پس $G$ زیر گرافی همسانریخت با $P_{4}+K_{1}$ است.
\item\label{it(2)}
فقط یکی از رئوس $c$ یا $d$ روی مسیر $P_{1}$ باشند، بدون کاستن از کلیت مسئله فرض میکنیم $c$ روی مسیر $P_{1}$ باشد ولی $d$ روی مسیر $P_{1}$ نباشد.
حال با توجه به \ref{it(1)} و \ref{it(2)} داریم
\end{enumerate}
\end{document}
پینوشت: بجای ضمیمه کردن فایل زیپشده بهتر بود خود فایل اصلی را ضمیمه مینمودبعلاوه فایلهای لاگ و پیدیاف را در صورتیکه خطایی وجود میداشت.