سلام
۱- در فایل نمونه بستهی geometry رو بعد از زیپرشین فراخوانی کردید که اشتباهه. زیپرشین باید آخرین بستهی فراخوانی شده باشد.
۲- برای حل این مسأله دو راه وجود داره:
الف- جملهبندی متن رو تغییر بدید.
ب- از گزینهی kashida استفاده کنید:
\usepackage[kashida]{xepersian}