بنده فایل شما رو اجرا کردم و گذشته از خطاهای تایپی زیادی که داشت، خروجی مشکلی نداره!
اما خطاها:
۱- به‌جای استفاده از محیط flushleft می‌تونستید از دستور fleqn در تنظیمات سند استفاده کنید:
\documentclass[a4,paper,10pt,fleqn]{article}
۲- به‌جای استفاده از محیط array از محیط align استفاده کنید (خود محیط array هم باید در محیط ریاضی فراخوانی می‌کردید در غیر اینصورت خطا می‌گیرید). مثلاً
\begin{align}
\min & \theta - \displaystyle \sum_{i=1}^{m} s_{i}^- + \displaystyle \sum_{r=1}^{p} s_{r}^+ \\
\textsc{s.t.} &\displaystyle \sum_{j=1}^{n} \lambda_{j}x_{ij} + s_{i}^- = \theta x_{io}, & i=1,...,m\\
& \displaystyle \sum_{j=1}^{n} \lambda_{j}y_{rj} - s_{r}^+ = y_{ro}, & r=1,...,p \\
& \lambda_{j} , s_{i}^- , s_{r}^+ >0
\end{align}
۳- در جند فرمول، آکولاد اضافی داشتید.
۴- بسته‌ی graphicx رو فراخوانی نکردید:
\usepackage{graphicx}
۵- در مورد مراجع هم این که نوشتید:
\section*{مراجع}
کاملاً اشتباه است. اگر در فایل خروجی دقت کنید می‌بینید که هم عنوان مراجع دارید و هم عنوان References.
بدین منظور به صورت زیر عمل کنید:
\begin{thebibliography}{99}
\begin{LTRbibitems}
\bibitem{1}
{\sc Charnes A, Cooper WW, Rhodes E.}
\newblock Measuring the efficiency of decision making units.
\newblock {\em European Journal of Operational Research 2}, (6), (1978): 429–44.
.
.
.
\end{LTRbibitems}
\end{thebibliography}
در پایان، با این اصلاحات از فایلتون یکبار دیگه اجرا بگیرید و ببینید که آیا این مشکل همچنان پابرجاست یا خیر.
این هم فایل خروجی:
