\documentclass[a4paper,12pt,openany,oneside,msc]{VThesis}
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{XB Niloofar}
\setlatintextfont[Scale=1]{Times New Roman}
\begin{document}
\tableofcontents
\renewcommand{\bibname}{لیست مقالات مستخرج از رساله}
\bibliographystyle{amsplain}
\makeatletter
\renewcommand\@bibitem[1]{\item\if@filesw \immediate\write\@auxout
	{\string\bibcite{#1}{\theenumiv}}\fi\ignorespaces}
\renewenvironment{thebibliography}[1]
{\section*{\refname~(1)}%
	\@mkboth{\MakeUppercase\refname}{\MakeUppercase\refname}%
	\list{\@biblabel{\@Alph\c@enumiv}}%
	\@openbib@code
	\usecounter{enumiv}%
	\let\p@enumiv\@empty
	\renewcommand\theenumiv{\@Alph\c@enumiv}%
	\sloppy
	\clubpenalty4000
	\@clubpenalty \clubpenalty
	\widowpenalty4000%
	\sfcode`\.\@m
	% We redefine the lenghts here
	\setlength{\labelwidth}{0pt}
	\setlength{\labelsep}{.5em}
	\setlength{\leftmargin}{0pt}
	\parsep\parskip
	\setlength{\itemsep}{0pt}
	\setlength{\topsep}{0pt}
	\partopsep\parskip
	\itemindent\parindent
	\advance\itemindent\labelsep
}
{\def\@noitemerr
	{\@latex@warning{Empty `thebibliography' environment}}%
	\endlist}
\makeatother


\addcontentsline{toc}{section}{مراجع (1)}
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem{conference}
مرجان نظری، کاظم نوری، باقر کرامتی، بررسی وجود و یکتایی جواب برای دسته‌ای از معادلات دیفرانسیل-انتگرال تاخیری از مرتبه‌ی کسری، پنجمین سمینار آنالیز تابعی و کاربردهای آن، دانشگاه زنجان، تیر (۱۳۹۶)
\end{thebibliography}
بنا به مرجع
\cite{conference}
داریم:

\renewcommand{\bibname}{مراجع}
\small
\bibliographystyle{amsplain}
\makeatletter
\renewcommand\@bibitem[1]{\item\if@filesw \immediate\write\@auxout
	{\string\bibcite{#1}{\theenumiv}}\fi\ignorespaces}
\renewenvironment{thebibliography}[1]
{\section*{\refname~(2)}%
	\@mkboth{\MakeUppercase\refname}{\MakeUppercase\refname}%
	\list{\@biblabel{\@arabic\c@enumiv}}%
	\@openbib@code
	\usecounter{enumiv}%
	\let\p@enumiv\@empty
	\renewcommand\theenumiv{\@arabic\c@enumiv}%
	\sloppy
	\clubpenalty4000
	\@clubpenalty \clubpenalty
	\widowpenalty4000%
	\sfcode`\.\@m
	% We redefine the lenghts here
	\setlength{\labelwidth}{0pt}
	\setlength{\labelsep}{.5em}
	\setlength{\leftmargin}{0pt}
	\parsep\parskip
	\setlength{\itemsep}{0pt}
	\setlength{\topsep}{0pt}
	\partopsep\parskip
	\itemindent\parindent
	\advance\itemindent\labelsep
}
{\def\@noitemerr
	{\@latex@warning{Empty `thebibliography' environment}}%
	\endlist}
\addcontentsline{toc}{section}{مراجع (2)}
\begin{thebibliography}{99}
	
	%\resetlatinfont
	\begin{LTRitems}
		\bibitem{Abb_Ben_12}{S. Abbas, M. Benchohra, J.E. Lazreg, J.J. Nieto}, {On
			a coupled system of Hilfer and Hilfer-Hadamard fractional
			differential equations in Banach spaces}, J. Nonl. Funct.
		Anal. (2018), Article ID 12, DOI: 10.23952/jnfa.2018.12.
\end{LTRitems}
\end{thebibliography}
بنا به مرجع
\cite{Abb_Ben_12}
داریم:

\end{document}