\documentclass[12pt]{article}
\usepackage{amsmath,amssymb}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{B Nazanin}
\DefaultMathsDigits
\begin{document}
معادله حرکت سیستم را در نظر می گیریم:
\begin{equation}
J\ddot{q} = \alpha{q}
\end{equation}
\end{document}