\documentclass[14]{article}
\usepackage{amssymb,amsmath,mathrsfs}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{calc}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\rhead{برخی مسائل غیرخطی القا شده توسط اصل عضو ماکسیمال مجرد}
\lhead{\thepage}
\chead{}
\cfoot{}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\setlatintextfont{Arial}
\SepMark{.}
\makeatletter
\def\@thm#1#2#3{%
  \ifhmode\unskip\unskip\par\fi
  \normalfont
  \trivlist
  \let\thmheadnl\relax
  \let\thm@swap\@gobble
  \thm@notefont{\fontseries\mddefault\upshape}%
  \thm@headpunct{.}
  \thm@headsep 5\p@ plus\p@ minus\p@\relax
  \thm@space@setup
  #1% style overrides
  \@topsep \thm@preskip              
  \@topsepadd \thm@postskip      
  \def\@tempa{#2}\ifx\@empty\@tempa
    \def\@tempa{\@oparg{\@begintheorem{#3}{}}[]}%
  \else
    \refstepcounter{#2}%
    \def\@tempa{\@oparg{\@begintheorem{#3}{\csname the#2\endcsname}}[]}%
  \fi
  \@tempa
}
\makeatother
\newtheorem{thm}{قضیه}[section]
\newtheorem{lem}{لم}[section]
\newtheorem{coroll}{نتیجه}[section]
\newtheorem{defin}{تعریف}[section]
\newtheorem{rem}{تبصره}[section]
\begin{document}
\title{جابجایی شماره فرمول ها }
\author{}
\date{}
\maketitle
\section{بخش اول}
\begin{thm}
این یک قضیه است.
\end{thm}
\begin{proof}
این یک اثبات است
\begin{equation}
G_i(x^{n},x_i^{n+1})\leq \tau_i(x^{n})+\frac{1}{2^{n}}, \quad \ \forall i\in I
\end{equation}
فرمول زیر را داریم،
\begin{equation}
G_i(x^{n},x_i^{n+1})\leq \tau_i(x^{n})+\frac{1}{2^{n}}, \quad \ \forall i\in I
\end{equation}
\end{proof}
\section{بخش دوم}
\begin{thm}
این یک قضیه است.
\end{thm}
\begin{proof}
این یک اثبات است
\begin{equation}
G_i(x^{n},x_i^{n+1})\leq \tau_i(x^{n})+\frac{1}{2^{n}}, \quad \ \forall i\in I
\end{equation}
فرمول زیر را داریم،
\begin{equation}
G_i(x^{n},x_i^{n+1})\leq \tau_i(x^{n})+\frac{1}{2^{n}}, \quad \ \forall i\in I
\end{equation}
\end{proof}
\end{document}