\documentclass{article}
\pagestyle{empty}

\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}

\usepackage[top=30mm, bottom=30mm, left=25mm, right=35mm]{geometry}

\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=black,citecolor=black,urlcolor=black]{hyperref}

\usepackage{setspace}

\usepackage{algorithm}
\usepackage{algorithmic}

\usepackage{subfigure}
\usepackage[subfigure]{tocloft}

\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows,automata, shapes,positioning,matrix,calc}

\usepackage[final]{listings}

\usepackage{tabularx}

\usepackage{hhline}

\usepackage{pbox}

\usepackage{caption}

\usepackage{rotating}

\usepackage{zref-perpage}% جهت شماره گذاری از یک زیرنویسها در هر صفحه
\zmakeperpage{footnote} 

\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont{Persian Modern}

%\usepackage{zref-perpage}% جهت شماره گذاری از یک زیرنویسها در هر صفحه
%\zmakeperpage{footnote} 
\paragraphfootnotes
\begin{document}
% In the first page, we typeset footnotes from left to right
\LTRfootnote{This is a footnote.}\LTRfootnote{This is a very looooooooooo oooooooooo ooooooooooooo ooooooooong footnote.}\footnote{این یک زیرنویس است.}\LTRfootnote{This is a footnote.}\LTRfootnote{This is a footnote.}\LTRfootnote{This is a footnote.}\LTRfootnote{This is a footnote.}
\newpage
% In this page, we typeset footnotes from right to left
\setRTLparagraphfootnotes
\footnote{این یک زیرنویس است.}\footnote{این یک زیرنویس است.}\LTRfootnote{This is a looooooo ooooo oooong  footnote.}\footnote{این یک زیرنویس است.}\footnote{این یک زیرنویس است.}\footnote{این یک زیرنویس است.}\footnote{این یک زیرنویس است.}
\end{document}