\documentclass{article}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Zar}
\setdigitfont{XB Zar}
\renewcommand*{\bibname}{مراجع}

\begin{document}
مشکل اصلی من در نوشتن رفرنس ها به صورت راست به چپ است. ~\cite{1}
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem{1}
The Refrence is right to left insted left to right 1394
\end{thebibliography}

\end{document}