% !TEX TS-program = XeLaTeX
% www.parsilatex.com
\documentclass[12pt]{article}
\usepackage{xepersian}
\makeatletter
\def\LTRfootnote{\@ifnextchar[\@xLTRfootnote{\stepcounter\@mpfn
     \protected@xdef\@thefnmark{\latinfont\thempfn}%
     \@footnotemark\@LTRfootnotetext}}
\makeatother
\begin{document}
در این مثال دو زیرنویس اول لاتین هستند و شماره آنها هم در متن و هم در پاورقی به صورت انگلیسی نشان داده می‌شود.

آموزش\LTRfootnote{Train}
 و فرکانس سند
\lr{(DF\LTRfootnote{Document Frequenty})}
آزمایش\footnote{آزمودن}
\end{document}