\documentclass{minimal}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
سلام شیمی  
\chemfig{H_2O}

\chemfig{H_2O}
فرمول شیمیایی آب هست.

نکته ۱: با گذاشتن یک \~{} در اول خط، مشکل حل می شود.

 ~
\chemfig{H_2O}
فرمول شیمیایی آب هست.

نکته ۲: در محیط \lr{RTLcases} مشکل وجود ندارد.

\begin{RTLcases}
\chemfig{H_2O}
فرمول شیمیایی آب هست.
\\
\chemfig{O_2}
\end{RTLcases}

\end{document}