\documentclass{article}
\usepackage[papersize={10cm, 20cm}]{geometry}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{tcolorbox}

\usepackage{footnotehyper}
\makesavenoteenv{tcolorbox}

\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont{Persian Modern}
\setdigitfont{Persian Modern} 
\setlatintextfont[Scale=0.9]{TeX Gyre Heros}

\begin{document}
متن\footnote{اولین}

\begin{tcolorbox}
محتوا \footnote{داخل جعبه‌ی رنگی} 
پاورقی با آرگومان دلخواه\footnote[10]{داخل جعبه‌ی رنگی اول}
\end{tcolorbox}

متن\footnote{سوم}

\begin{tcolorbox}
محتوا \footnote{جعبه‌ رنگی دوم}   
پاورقی با آرگومان دلخواه\footnote[20]{درون جعبه‌ی رنگی دوم}
\begin{tcolorbox}
محتوا \footnote{لایه‌ی دوم} 

پاورقی با دستور \lr{LTRfootnote} درست\LTRfootnote{LTRfootnote} کار نمی‌کند!

یک پاورقی دیگر \footnote{\lr{Footnote}}
\end{tcolorbox}
\end{tcolorbox}


\end{document}